北京市自1999年以政府行为全面推动学生营养餐工作至今经历了三个阶段。
第一阶段为普及推广阶段：1999年至2001年，北京市政府按照“政府主导、社会参与、学校落实、学生自愿”的方针，先后两年把推行学生营养餐工作列为政府当年为群众办的实事之中，连续三年以每年递增10多万人的速度在全市城近郊区推行学生营养餐。截止到2001年底，北京市已有32万中小学生吃上学生营养餐。
第二阶段为巩固提高阶段：2002年至2004年，北京市政府提出“稳定规模、加强管理、提高质量、确保安全”的新的工作方针，要求学生营养餐工作在已取得成绩基础上，稳定健康持续的发展，提高质量，确保学生就餐的食品卫生安全。
第三阶段为加强综合管理、全面提升质量的阶段：为了成功举办2008年奥运会，北京市政府自2004年开始在全市大力开展“食品安全放心工程”，并将学生营养餐工作列为食品卫生安全监督管理的重要内容，提出：“加强综合管理，确保学生食品卫生安全”的工作要求。
经过几年的不断努力，当前北京市学生营养餐已经形成了比较完善的管理体系、基本满足需求的生产规模、科学规范的卫生监督体系、安全快捷的原料配送体系、多学科的营养研究体系。
我市学生营养餐的生产采取工业化生产集中配送和高标准学校食堂现场生产相结合的模式。目前，全市有54家定点生产单位为中小学校配送学生营养餐，有200多家经过认证的学生食堂为本校的学生提供学生营养餐，每天有近35万名中小学生食用学生营养餐。